Unter dem Homunculus versteht man ein Modell, das die neuronale Beziehung zwischen kortikalen Bereichen einerseits und Skelettmuskeln oder sensorischen Feldern andererseits darstellt, wobei benachbarte Körperregionen auf benachbarten Kortexgebieten abgebildet sind.
Der Homunkulus oder lateinisch Homunculus („Menschlein“) bezeichnet einen künstlich geschaffenen (kleinen) Menschen. Die Idee des Homunkulus wurde im Spätmittelalter im Kontext alchemistischer Theorien entwickelt – oft unter Verwendung des Begriffes „Arcanum“. Häufig erscheint der Homunkulus als dämonischer Helfer magischer Praktiken. Das Motiv des Homunkulus wurde in der Literatur oft aufgegriffen, insbesondere um die Ambivalenz der modernen Technik zu illustrieren. Die vielleicht bekannteste Verwendung der Homunkulus-Idee findet sich in Goethes Faust II.
Der Begriff des Homunculus hat zudem in der Philosophie und Neurowissenschaft weitere Bedeutungen erhalten. In der Philosophie der Wahrnehmung und der Philosophie des Geistes wird mit dem Begriff „Homunkulus“ auf die Idee Bezug genommen, dass es im Kopf nochmals ein Wesen gebe, das Reize wahrnehme und Erlebnisse habe. Zwar glaubt vermutlich kein Philosoph, dass es einen Homunkulus im Kopf gibt, allerdings werfen Philosophen gelegentlich bestimmte Theorien auf, welche die Existenz eines derartigen Wesens unausgesprochen enthalten. Wenn man etwa annimmt, dass in der visuellen Wahrnehmung ein Bild auf die Netzhaut projiziert wird, das als Bild dann in das Gehirn gesendet wird, dann müsste es im Kopf nochmals ein Wesen geben, das sich diese Bilder anschaut. Mit solchen Gedankengängen sollen bestimmte Vorstellungen über die Wahrnehmung und den Geist ad absurdum geführt werden.
In der Neuroanatomie wird veranschaulichend von einem sensorischen Homunkulus und einem motorischen Homunkulus gesprochen. Diese Homunculi entstehen als epistemische Hilfskonstruktionen, wenn man die Gehirnregionen den Körperteilen zuordnet, für die sie jeweils zuständig sind.